2004 yılının sonlarında Ramallah'da bulunan binalarda iki yılı aşkın bir süredir İsrail Ordusu tarafından zorla tutulmaktayken Arafat hastalandı ve komaya girdi. Gerçek ölüm sebebi tam olarak bilinmese de doktorlar idiyopatik trombositopenik purpura ve sirozdan söz etti ama otopsi yapılmadı. Arafat 12 Kasım 2004'te 75 yaşında öldü.