Bugünkü Rusya Federasyonu’nda Kazan’ın güneyinde Samara’nın (Kuibişev) Stavropol kazasının Ortakandal köyünde doğdu. Babası imam Halim Efendi, Mendi ailesinden Abdülkadir Efendi’nin oğludur. İlk eğitimini köyünde tamamladıktan sonra Simbir’de Velî Hazret ve Şâkir Ahund medreselerine devam etti. Ardından Buhara’daki amcası hâfız Veliyyullah’ın yanına gitti ve orada beş yıl kadar İslâm felsefesi öğrenimi gördü. Daha sonra İstanbul’a giderek Yakup Mustafa adıyla Dârülfünun İlâhiyat Fakültesi’ne kaydoldu. Aralarında Tantâvî Cevherî’nin de bulunduğu hocalardan ders okudu. II. Abdülhamid devrinde yönetim karşıtı fikirleri savunduğu gerekçesiyle bir ara takibata uğradı ve bu yüzden İstanbul’dan ayrılıp Hicaz’a geçti. Hicaz’da kaldığı iki yıl boyunca Şeyh İshak el-Hindî’den tefsir ve hadis, Edîbü’l-Hicâz Mehmed Ali Efendi’den Arap edebiyatı dersleri aldı. Ardından Mısır’a gitti ve Ezher’de Muhammediyye Medresesi’ne girdi. Bu sırada Hizbü’l-Vatanî reisi Mustafa Kâmil Paşa’nın el-Livâ’ gazetesinde dört yıl süreyle siyasî makaleler yazdı ve yine Kâmil Paşa’nın çıkardığı el-Âlemü’l-İslâmî mecmuasında Müslüman Türkler hakkında tarihî ve içtimaî muhtevalı yazılar kaleme aldı. Mısır’da kaldığı süre içerisinde et-Tilmîz dergisinin yönetimini de üstlendi.
1905-1917 yılları arasında siyaset ve ilim sahasında faaliyet gösteren ve Tatar halkının sevgisini kazanan Zakir Kadiri, Bolşevik İhtilâli öncesinde Çarlık Rusyası’nda yaşayan Müslüman liderlerden Rızâeddin Fahreddin tarafından Orenburg’da açılan Hüseyniyye Medresesi’ne başmüderris olarak davet edildi. Burada iki yıl kadar hocalık yaptıktan sonra yine davet üzerine Ufa’da Ziyâeddin Kemâlî idaresinde kurulan Medrese-i Âliye-i Dîniyye’de altı yıl, Medrese-i Osmâniyye’de üç yıl müderrislik yaptı. Bu arada bacanağı Viz Nevruz ile birlikte Turmuş adıyla bir gazete çıkardı (1913-1916), böylece faal bir şekilde siyaset hayatına atıldı. O sırada Ruslar azınlıkların okuduğu mekteplerde Rusça’yı mecburi ders haline getirmek isteyince Müslüman halktan bir kesim de derslerin Rusça okutulmasına taraftar oldu. Bunun üzerine Zakir Kadiri, gazetesinde Türkler’in kendi akademi ve üniversitelerinde kendi dilleriyle öğrenim yapmalarını savunan yazılar kaleme aldı. Bu esnada gazete ve mecmualarda yer alan bir başka konu müftünün nasıl tayin edileceği meselesiydi. Rusya Müslümanlarının müftüsü Mehmedyar vefat edince çarlık yönetimi Rus yanlısı Safâ Molla Bayezid adlı bir kişiyi müftülükle görevlendirdi. Ancak Müslüman Tatarlar, Safâ Molla’yı Ufa’dan uzaklaştırdı ve yerine Âlimcan Barudî müftü tayin edildi. Zakir Kadiri bu gelişmeler sırasında, Tatar halkının kendi topraklarında bağımsız kararlar alıp Müslüman-Türk kültürünün hâkim olması için uzun süre fikrî-siyasî bir mücadele verdi. 1917 Rus İhtilâli’nde İdil-Ural Türkler’inin millî mücadelesine katıldı. Güney İdil-Ural Cumhuriyeti’nin kurulması üzerine bir süre millî idare üyesi seçildi, bu esnada Maarif nâzırlığı görevini üstlendi. Ancak Bolşevik İhtilâli’nin ardından idareye Ruslar tarafından el konunca millî hükümet Çin’e sığınmak zorunda kaldı. Zakir Kadiri eşi Sâniye İffet Hanım’ın da gayretleriyle Çin’de Gulca Türkleri için bir muallim mektebi, bir de ilk mektep açtı.
1923’te Ankara’ya gidip yeni kurulan Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığına girdi. Bir müddet Tarsus’ta öğretmenlik yaptıktan sonra dönemin Maarif Vekili Hamdullah Suphi (Tanrıöver) kendisini Ankara’ya çağırarak Türk Tarih Kurumu Telif ve Tercüme Heyeti’ne üye tayin etti. Heyetin dağılması üzerine bir süre tercümanlık yaptı, ardından Süleymaniye Kütüphanesi’nde tasnif komisyonunda çalıştı. 1936’da Finlandiya Suomi Tatarları Birliği tarafından gençlere millî terbiye vermek üzere davet edildiği Finlandiya’da dört yıl kaldı ve konferanslar düzenledi. II. Dünya Savaşı’ndan önce Türkiye’ye döndü, ilmî çalışmalarını ve tercümanlık görevini sürdürdü. 22 Ekim 1954 tarihinde Ankara’da vefat etti ve Ankara Asrî Mezarlığı’na defnedildi.
Zakir Kadiri çalışmalarından anlaşıldığına göre bir süre felsefe ile de meşgul olmuştur. İngiliz filozofu ve sosyoloğu Herbert Spencer’ın insan ve eğitim üzerine kaleme aldığı bir kısım eserlerini Tatarca’ya çevirmiş, onun fikirlerinin Doğu ülkelerinde tanınması için gayret göstermiştir. Ayrıca Muhammed Ayyâd et-Tantâvî’nin kitaplarını Tatar diline çevirmiştir. Zakir Kadiri’nin, Rusya’da Bolşevik İhtilâli sonrasındaki baskı ve zulümlerden kurtulma arzusuyla Batı bilim felsefesiyle İslâm tarihi ve İslâmî ilimlerden özellikle hadise yöneldiği görülür. Hadis ya da rivayet ilminin Müslümanlar tarafından en ciddi ve ilmî metotlarla geliştirildiğine işaret eden Zakir Kadiri hadisteki isnad tenkit sisteminin yetersiz olduğunu, muhaddislerin isnadları gereğince eleştiriye tâbi tutmadıklarını, bununla birlikte hadislerin metninden ziyade isnada önem verdikleri için metin ve muhtevanın arka planda kaldığını, bu durumun hadis ilmine gölge düşürdüğünü ileri sürmüştür. Hadis sahasında Batılı araştırmacıların çalışmalarından yararlanmış, I. Goldziher, de Quie, Dozy, Baron Kramer, Schmidt ve Krimskiy’nin eserlerine ve görüşlerine duyduğu hayranlığı açıkça dile getirmiştir.